Présentation de refbase
refbase est une application libre et gratuite, écrite en PHP / MySQL, permettant de gérer une base de références bibliographiques en ligne.
refbase peut importer et exporter des références bibliographiques dans différents format (incluant BibTeX, EndNote, RIS, PubMed, ISI Web of Science, CSA Illumina, RefWorks, MODS XML, OpenOffice, and MS Word).
Il peut mettre en forme une liste de citations en HTML, RTF, PDF, or LaTeX, et il offre des outils puissants de recherche ainsi que la possibilité de transformer sa recherche en flux RSS.
Par ailleurs, il génère nativement des COinS ce qui permet, entre autres, d’importer très facilement des références avec l’excellent Zotero ou encore de récupérer facilement la version complète d’une référence à partir des technologies OpenURL [1].
Il est également possible de tester refbase en ligne : http://demo.refbase.net/.
Pré-requis et installation
Attention : ce plugin ne contient pas le logiciel refbase. Il permet simplement d’interroger une base de données refbase externe et d’afficher les résultats dans SPIP. Pour pouvoir utiliser ce plugin, vous devez donc disposer d’une installation externe de refbase. Si vous souhaitez simplement et facilement ajouter des références bibliographiques à vos articles, le plugin Cite : des modèles pour les références bibliographiques sera peut-être plus adapté.
La base refbase n’a pas besoin d’être installée sur le même serveur que SPIP.
Le comportement par défaut du plugin peut être configuré à l’aide du plugin cfg. Si le plugin cfg n’est pas indispensable au fonctionnement du plugin, son utilisation est fortement conseillée.
MÀJ : à partir de la version 2 (SPIP 3 minimum), le plugin CFG n’est plus nécessaire pour la configuration du plugin refbase. Le formulaire de configuration est directement accessible dans le menu Squelettes.
L’installation du plugin refbase est classique (voir la documentation officielle).
Le plugin refbase est développé sur SPIP-Zone et peut donc être récupéré par SVN.
Vous pouvez aussi récupérer le fichier ZIP (voir ci-contre) produit à partir de SPIP-Zone ou bien utiliser la fonction auto de SPIP 2.0.
Vos squelettes doivent intégrer la balise #INSERT_HEAD
afin que soient appelés dans vos pages les styles css nécessaires au modèle et la fonction javascript utilisée pour déplier les blocs de la vue Citations.
Pourquoi ce plugin ?
refbase propose différents moyens pour intégrer des références dans son site web (voir http://www.refbase.net/index.php/In...), via une <iframe>
(voir exemple ou en AJAX (voir exemple).
Cependant, une iframe ne s’intègre pas toujours de manière judicieuse dans une page web, notamment car on ne peut prédire sa taille à l’avance. Dans le cas du recours aux technologies AJAX, les COinS ne sont pas forcément détectés par le navigateur et, en particulier, par des outils tels que Zotero.
Ce plugin est né de l’objectif de fournir un modèle permettant d’insérer simplement dans un article une liste de références extraites de refbase en les intégrant directement dans le code HTML générés par SPIP. De fait, la liste apparaît comme faisant partie intégrante de la page. les COinS sont correctement détectés et la liste est indexée par les moteurs de recherche.
Configuration du comportement par défaut
À l’aide du plugin cfg, il est possible de configurer une liste de paramètres utilisés par défaut lors d’un appel au modèle <refbase>
. Chacun de ses paramètres peut également être passé directement lors de l’appel du modèle. Une valeur passée directement au modèle a priorité sur la valeur par défaut.
On peut par exemple décider que par défaut les doublons ne sont pas affichés. Néanmoins, il est possible, dans un article donné par exemple, de forcer l’affichage des doublons en passant directement ce paramètre au modèle : <refbase|doublons=oui>
.
url_refbase
Il s’agit de l’URL de la base refbase d’où sont extraites les références. Elle doit être fournie avec avec un http:// initial et un / final. Par exemple : http://demo.refbase.net/.
ATTENTION : si aucune URL par défaut n’a été définie avec CFG, il sera nécessaire de préciser ce paramètre à chaque appel du modèle.
vue
Quatre vues différentes sont possibles lors de l’affichage d’une liste de références. Ce paramètre accepte donc quatre valeurs possibles : citations (par défaut), liste, details et recap.
La vue recap étant particulière et nécessitant d’être accompagnée du paramètre par
, elle n’est pas proposée dans la configuration par défaut avec cfg
.
<refbase|vue=citations>
produira :
Note : certains remarqueront un lien Check OpenResolver à côté des références. Ce lien est rajouté par l’extension OpenURL Referrer installée sur mon navigateur internet. Cela traduit la présence d’un COinS. En l’absence de cette extension, le lien sera simplement absent.
Dans la vue Citations, il y a sous chaque référence un bloc dépliable avec l’abstract de la référence, ses mots-clés et différentes options d’export. Voir un exemple ci-dessous :
<refbase|vue=liste>
produira :
<refbase|vue=details>
produira :
La vue recap permet de présenter un comptage des différentes références bibliographiques selon un champs donné qui doit être passé au modèle à l’aide du paramètre par
. Le nom de ce champs doit correspondre à l’un des champs SQL de la base refbase (par exemple : author, publication, type, issue, series_title, created_date, edition, serial...).
<refbase|vue=recap|par=author>
produira :
liens
À droite des citations sont affichés différents liens externes renvoyant vers différents outils en ligne (résolveur OpenURL, résolveur de DOI, version PDF en ligne...). Il est possible de ne pas afficher ces liens avec le paramètre liens=non
.
<refbase|vue=citations|liens=non>
produira :
max
Permet de spécifier le nombre maximum de références affichées. Prend un nombre entier comme valeur. Par exemple : <refbase|max=20>
doublons
Permet de spécifier les références entrées en double doivent être affichées ou non. Deux valeurs possibles : oui
ou non
.
tri
Spécifie l’ordre d’affichage des références. Cinq valeurs possibles :
- annee : tri par année décroissante.
- auteur : tri alphabétique par auteur.
- type : tri par type de références (articles, livres, chapitres, thèses...)
- type-annee : tri par type de références puis par année décroissante.
- date-creation : tri par date de création dans la base décroissante.
Exemple : <refbase|tri=annee>
produira :
style
Ce paramètre n’a d’effet que sur la vue citations. Il précise le style de référence à utiliser. Les styles installés par défaut avec refbase sont :
- APA
- AMA
- MLA
- Chicago
- Harvard 1
- Harvard 2
- Harvard 3
- Vancouver
- Deep Sea res
- J Glaciol
- Mar Biol
Exemple : <refbase|style=MLA>
produira :
liens_exports
Ce paramètre n’a d’effet que sur la vue citations. Il permet d’afficher ou de masquer le bloc dépliant avec l’abstract et les options d’exports. Deux valeurs possibles : oui
ou non
.
Exemple : <refbase|liens_exports=non>
produira :
css
Les résultats importés depuis refbase sont englobés dans un <div>
avec la classe refbasecss. Suivant vos squelettes, il est possible que le modèle soit affiché avec des caractères trop petits ou trop grands. Il est possible, avec le paramètre css
, de passer des informations de style au <div>
englobant.
Par exemple, pour afficher le texte du modèle dans une police plus grande, on pourra faire : <refbase|css=font-size:1.25em;>
.
Les paramètres de sélection
Bien entendu, le plus souvent on ne souhaite pas afficher toutes les références de la base dans une sélection de celles-ci. Plusieurs paramètres de sélection sont disponibles.
voir
Le paramètre voir=tout
permet de sélectionner toutes les références de la base.
auteur
Permet de sélectionner les références d’un auteur en particulier. <refbase|auteur=Einstein>
sélectionnera toutes les références écrites par une personne s’appelant Einstein. En cas d’homonymie, on pourra préciser le prénom ainsi : <refbase|auteur=Einstein, Albert>
.
institution
Permet d’afficher une bibliographie institutionnelle en passant au paramètre le sigle de l’institution. Par exemple : <refbase|institution=IPO>
. Pour plus d’informations sur cette fonctionnalité, voir la documentation de refbase.
type
Permet de sélectionner un type de références. Le nom du type doit être entré en anglais tel qu’il apparaît dans refbase. Pour voir les différents types disponibles dans une base, aller dans la recherche avancée sur le site de la base en question. Les types les plus courants sont Journal Article, Book Whole, Book Chapter, Thesis...
Pour n’afficher que des articles de revue scientifique, on écrira <refbase|type=Journal Article>
.
titre
Permet d’effectuer une recherche sur un ou plusieurs mots du titre. <refbase|titre=nucleotide>
pour les références dont le titre contient nucleotide. On peut également transmettre une expression régulière. Ainsi, <refbase|titre=^nucleotide>
ne renverra que les références dont le titre commence par nucleotide.
motcle
Sélectionne les références partageant le mot-clé entré.
journal
Sélectionne les articles parus dans une revue particulière. Par exemple, pour sélectionner les articles parus dans The Lancet : <refbase|journal=Lancet>
.
identifiants
Chaque référence dispose d’un identifiant unique dans refbase. Cet identifiant est visible dans la vue details. Il s’agit du dernier champs, en bas à droite, intitulé Serial. L’identifiant d’une référence est également visible dans le lien permanent vers cette référence. En effet, ce lien permanent est de la forme show.php?record=1234
où 1234 est l’identifiant de la référence.
Le paramètre identifiants permet de sélectionner une ou plusieurs références à partir de leur identifiant. <refbase|identifiants=12>
pour sélectionner la référence 12. <refbase|identifiants=12,18,54,35>
pour sélectionner les références 12, 18, 35 et 54.
doi
Permet de sélectionner une référence à partir de son DOI. Par exemple : <refbase|doi=10.1002/Fps.1582>
. On peut également passer uniquement une partie d’un DOI. <refbase|doi=10.1002>
sélectionnera toutes les références dont le DOI contient 10.1002.
annee
Sélectionne les publications d’une année donnée. <refbase|annee=2005>
sélectionnera toutes les publications parues en 2005.
depuis
Ce paramètre peut prendre deux formes :
-
<refbase|depuis=2007>
sélectionnera les références publiées à partir de 2007. -
<refbase|depuis=3ans>
sélectionnera les références publiées cette année et les deux années précédentes.
where
Ce paramètre est le plus puissant. Il permet de réaliser des sélections avancées. Par exemple, pour sélectionner des chapitres d’ouvrage parus avant 2005 et dont le nom de l’auteur commence par un A on fera : <refbase|where=author RLIKE "^A" AND year < 2005 AND type RLIKE "Book Chapter">
.
Le plus simple pour connaître la syntaxe à utiliser consiste à effectuer la recherche en question sur le site de la base refbase en question. Sur la page présentant les résultats de votre recherche, refbase vous proposera un lien vers un flux RSS correspondant à cette recherche. Ce lien sera de la forme http://mabaserefbase.net/rss.php?where=author RLIKE "^A" AND year < 2005 AND type RLIKE "Book Chapter"&showRows=5
. Il suffit dès lors de recopier la valeur du paramètre where de l’URL.
Note : il est possible, pour ce paramètre, de lui passer directement une version « URL encodée ». Ainsi, l’exemple précédent devient : <refbase|where=author%20RLIKE%20%22%5EA%22%20AND%20year%20%3C%202005%20AND%20type%20RLIKE%20%22Book%20Chapter%22>
.
Tableau récapitulatif des paramètres du modèle
Paramètre | Description | Valeurs possibles |
---|---|---|
Paramètres de sélection | ||
voir | Affiche toutes les références. | une seule : voir=tout |
auteur | Sélectionne les références d’un auteur donné. | texte |
institution | Sélectionne les références d’une institution, typiquement celles d’un laboratoire de recherche. | Sigle de l’institution |
type | Sélectionne les références d’un type précis (livres, articles...). | Le nom du type en anglais tel qu’il est utilisé dans refbase. Par exemple : Journal Article |
titre | Recherche sur le titre des ouvrages. | texte |
motcle | Sélectionne les références ayant le mot-clé spécifié. | texte |
journal | Sélectionne les articles parus dans la revue spécifiée. | texte |
identifiants | Sélectionne des références à partir de leur identifiant. | Un entier (12) ou une liste d’entiers séparés par une virgule (12,45,67) . |
doi | Sélectionne des références à partir de leur DOI. | texte |
annee | Sélectionne les références publiées cette année-là. | nombre entier |
depuis | Sélectionne les références publiées depuis une certaine durée ou depuis une année donnée. | Soit une année (2003), soit une durée en année (3ans sans espace). |
where | Sélection avancée à partir de critères SQL. | condition SQL (voir plus haut) |
Paramètres d’affichage | ||
url_refbase | URL de la base refbase à interroger. | URL commençant par http:// et se terminant par /. |
vue | Détermine la vue affichée. | 4 possibilités : citations, liste, details ou recap |
par | Critère de regroupement (vue=recap seulement) | nom d’un des champs SQL de refbase |
liens | Afficher les liens externes. | oui ou non |
max | Nombre maximum de résultats affichés | nombre entier |
doublons | Afficher les références en double. | oui ou non |
tri | Ordre d’affichage des résultats. | Cinq possibilités : annee, auteur, type, type-annee, date-creation |
style | Style de mise en forme des références (vue citations uniquement) | texte (doit correspondre à l’un des styles disponibles sur cette base refbase) |
liens_exports | Afficher l’abstract et les options d’exports (vue citations uniquement) | oui ou non |
css | Styles CSS à appliquer au <div> englobant les résultats. |
code CSS |
Citer une seule référence
Il est également possible d’appeler le modèle de manière plus classique en lui passant un identifiant de référence, par exemple <refbase14225>
. Dès lors, le modèle renvoie simplement la référence mise en forme et accompagnée d’un COinS. Le résultat est inséré dans le flux de texte. On obtient avec notre exemple :
Aalkjaer, C., & Cragoe, E. J. J. (1988). Intracellular pH regulation in resting and contracting segments of rat mesenteric resistance vessels. Journal of Physiology-London, 402, 391–410.
On peut également utiliser cette référence dans une note de bas de page. ATTENTION : l’écriture [[<refbase14225>]]
ne fonctionnera pas mais produira : [2]. Il faut mettre du texte en début de note pour éviter que SPIP interprète le modèle comme le nom de l’appel de note. Un simple espace suffit.
Ainsi [[ <refbase14225>]]
produira [3].
On peut également faire un appel de note personnalisé : [[<Aalkjaer 1998><refbase14225>]]
produira [4].
Personnalisation
Il est possible de personnaliser la mise en forme du modèle en surchargeant le fichier refbase.css
.
Syntaxe anglaise alternative
Afin que le modèle soit d’un usage simple pour les utilisateurs anglophones, les différents paramètres existent également dans leur forme anglaise. Dans cette version, nous avons privilégié l’API native de refbase (voir la documentation de refbase).
Si un même paramètre est passé au modèle à la fois sous sa forme française et sa forme anglaise, alors la forme anglaise est privilégiée.
Le tableau ci-dessous fournit la correspondance entre la syntaxe française et la syntaxe anglaise.
Syntaxe française | Syntaxe anglaise |
---|---|
Paramètres de sélection | |
voir=tout | records=all |
auteur | author |
institution | contribution_id |
type | type |
titre | title |
motcle | keywords |
journal | publication |
identifiants=12 | records=12 |
identifiants=12,15,34 | records=12,15,34 |
doi | doi |
annee | year |
depuis=2003 | since=2003 |
depuis=1an | since=1y ou since=1year |
depuis=3ans | since=3y ou since=3years |
where | where |
Paramètres d’affichage | |
url_refbase | url_refbase |
vue=citations | submit=Cite |
vue=liste | submit=List |
vue=details | submit=Display |
vue=recap | submit=Browse |
par | by |
liens=non | showLinks=0 ou showLinks=no |
liens=oui | showLinks=1 ou showLinks=yes |
max=20 | showRows=20 |
doublons=oui | showDups=1 or showDups=yes |
doublons=non | without=dups ou showDups=0 or showDups=no |
tri=annee | citeOrder=year |
tri=auteur | citeOrder=author |
tri=type | citeOrder=type |
tri=type-annee | citeOrder=type-year |
tri=date-creation | citeOrder=creation-date |
style | citeStyle |
liens_exports=oui | showAbstract=1 ou showAbstract=yes |
liens_exports=non | showAbstract=0 ou showAbstract=no |
css | css |
Aide à la saisie avec Insérer Modèles
Si le plugin Insérer Modèles est installé sur votre site, alors vous disposerez d’un formulaire vous permettant de générer l’appel au modèle dans vos articles.
Pour plus d’informations, voir la documentation du plugin Insérer Modèles.
Discussions par date d’activité
22 discussions
Ce plugin répond à un besoin de longue date.
Grand merci.
Avez-vous envisagé, pour le futur, de rendre possible l’utilisation de plusieurs bases de données ? Ce serait très pratique !
La raison d’une telle demande est simple. Sur notre site, nous voudrions avoir d’une part l’ensemble des publications disponibles, chercheur par chercheur, unité par unité, etc.
D’autre part, nous aimerions également afficher l’ensemble des livres disponibles dans notre département.
Il me semble insensé de mélanger ces deux bases de données, d’où l’intérêt que je porte à la possibilité d’insérer des références provenant d’une base qui serait située sur :
http://www.example.com/publications
et d’une autre base
http://www.example.com/bibliotheque
et de récupérer le contenu par
ou
Si vous voyez d’autres moyens de répondre à cette problématique, il est évident que je suis preneur.
Grand merci.
Pascal
Bonjour à tous,
Je me réponds au cas où quelqu’un d’autre chercherait la même information.
La réponse est simple. Il suffit d’encoder
pour choisir la base de donnée à l’adresse « http://www.example.com/bibliotheque/ ».
Attention au « http:// » et à la barre oblique finale de l’adresse.
Pascal
Bonjour,
c’est en effet la procédure à suivre, le modèle autorisant déjà la possibilité de personnaliser la base à consulter à chaque appel.
Bien cordialement
Répondre à ce message
Bonjour,
j’ai installé le plugin refbase Version : 0.1 [28930] sous SPIP 2.0.10 [14698].
Dans la config du plugin je référence l’URL « http://demo.refbase.net/ ».
Je crées un article dans lequel je mets la syntaxe suivante :
<refbase54594>
afin de faire une référence à l’article et la référence apparaît dans l’article en ligne.Bien que j’ai configurer Refbase
« Vue utilisée (vue) : Citations »
« Afficher les abstracts et les options d’export (liens_exports) »
la possibilité de déplier la citation ne se présente pas.
Essayer également avec la syntaxe suivante :
<refbase54594|vue=citations|liens_exports=oui>
sans effet de depliage désiré.
Sinon, un plugin magnifique.
Bien à vous
Bonjour,
afin que la citation puisse se déplier, un petit javascript est nécessaire. Ce javascript est automatiquement ajouté à la condition que la balise #INSERT_HEAD soit présente dans vos squelettes.
Est-ce bien le cas ?
Bien cordialement
J’ai installé le plugin Couteau Suisse, et activer l’insertion de la balise #INSERT_HEAD.
Vider le cache et recalculer la page, vérifier également la configuration du navigateur qui accepte Javascript.
Dans le code source de la page on retrouve ceci dans le head, mais toujours pas moyen de déplier la référence.
Merci pour votre coopération.
Auriez-vous un lien vers la page qui pose problème en ligne ?
Quelle version de SPIP ? Quel squelette utilisez-vous ?
Autres plugins installés ?
Cordialement
Répondre à ce message
Bonjour,
Sous wamp et php 5.3.0 il y a des erreurs liés à l’évolution php, une nouvelle version est elle prévue ?
Deprecated : Function eregi() is deprecated in C :\wamp\www\refbase-0.9.5\includes\header.inc.php on line 59
Bonjour,
le problème que vous évoquez concerne RefBase et non le plugin RefBase pour SPIP.
RefBase est toujours en cours de développement mais je ne sais pas quand la prochaine version doit sortir.
Concernant la compatibilité avec PHP 5, je vous conseille de reporter le problème que vous rencontrez sur les forums de RefBase : http://sourceforge.net/projects/ref....
Bien cordialement
Répondre à ce message
Merci Joseph,
J’étais en effet confus. Étant totalement néophyte en la matière, j’essaie de monter mon projet bout par bout afin d’arriver à un résultat satisfaisant.
Au plaisir,
Alexis
Répondre à ce message
Bonjour,
Je suis incapable de trouver le fichier « /initialize/db.inc.php »
ni le dossier d’ailleurs !
Est-ce que je fabule ? Est-ce qu’il existe une différence entre le plugin disponible sur www.refbase.net et celui proposé ici ?
Merci de votre aide !
Bonjour,
il faut bien distinguer deux éléments : le logiciel RefBase, disponible sur http://www.refbase.net qui permet de gérer une base de références bibliographiques et, d’autre part, le plugin RefBase pour SPIP, présenté ici, qui permet d’inclure facilement des références issues d’une base RefBase dans un site sous SPIP.
Bien cordialement
PS : le fichier
/initialize/bd.inc.php
que vous recherchez est un fichier de RefBase et non un fichier du plugin RefBase pour SPIP.Répondre à ce message
J’ai besoin d’afficher dans refbase le sigle €
je n’ai aucun souci d’affichage de caractère dans l’interface refbase
mais dans l’affichage liste du plug dans spip j’ai �
comment je peux réglé ce problème
Merci pour ce plug
Bonjour,
tout d’abord, dans quel format d’encodage des caractères est installé SPIP (utf-8 ou iso-8859-1 ) ? De même, avec quel encodage de caractères a été installé Refbase ?
Par ailleurs, rencontrez-vous également des problèmes avec les caractères accentués (éèà etc.) ?
bonjour,
j’ai installe ce plugin ca marche bien, par contre je rencontre des problèmes avec les caractères accentués (éèà etc.) .
est ce que vous avez résolu ce problème ?
et merci d’avance
Bonjour,
quel est le charset dans lequel est installé votre base RefBase (iso8859-1 ou utf-8) ? Quel est celui de votre SPIP ?
Avez-vous des liens vers votre site ? vers la base RefBase ?
Cordialement
Répondre à ce message
En fait, je me demandais si le plugin utilise seulement la base de données de refbase, ou également l’application. Si tel est le cas, il faut mentionner quelque part l’appel à l’application, mais où ?
Pour ma part je travaille (pour l’instant) en local. J’ai installé le répertoire « refbase-0.9.5 » (que je n’ai pas renommé) directement sous « www », soit au même niveau que « plugins », « IMG », « ecrire », etc. Peut-être le problème est-il là ?
Avec le plugin CFG, il faut spécifier au plugin l’URL d’accès à votre installation de RefBase (voir la doc).
Si j’ai bien compris, vous pouvez utiliser refBase sans problème et consulter le portail de refbase sans aucun souci ?
Est-ce que dans vos paramètre PHP, allow_url_fopen est activé ?
Cordialement
Ca y est, ça marche ! Je confondais adresse de l’application refbase et adresse de la base de données refbase.
Merci pour votre aide !
Répondre à ce message
Oui, Refbase fonctionne sans problème. C’est bien le plugin lui-même qui me cause du souci.
Je travaille sur SPIP 2.0.9. Pour les modèles, je les ai tous essayés...
Merci pour votre aide !
Répondre à ce message
Bonjour,
J’ai bien réussi l’installation de Refbase, ainsi que celle du plugin. Mais lorsqu’il s’agit d’afficher les références (je commence par celles qui sont par défaut dans la configuration de base de Refbase), à l’endroit de l’article où j’ai placé l’appel des références s’affiche ceci :
Warning : join() [function.join] : Bad arguments. in C :\Program Files\EasyPHP 2.0b1\www\ecrire\inc\flock.php on line 63
Auriez-vous une solution ?
Merci !
Bonjour,
premièrement est-ce que votre installation de RefBase fonctionne sans problème ? navigation dans le site sans soucis ?
Quelle version de SPIP ? Quel appel au model refbase avez-vous placé dans votre article ?
Cordialement
Répondre à ce message
Le fichier est bien copié sur le serveur.
Peut être qu’il y a un autre problème (version cfg ??) Car avant de l’installer sur un serveur j’ai essayé en local et ça marche très bien .... la seul dif. entre ma version local et mon serveur .... c’est la version de cfg (local : cfg 1.10.4 serveur : cfg 1.0.10 )
merci pour votre réponse
Essayer de mettre à jour CFG, désisntaller complètement refbase et réinstaller le.
En espérant que ca fonctionnera.
Sinon, j’avoue ne pas voir d’où le problème peut venir.
Cordialement
Répondre à ce message
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Avant de faire part d’un problème sur un plugin X, merci de lire ce qui suit :
Merci d’avance pour les personnes qui vous aideront !
Par ailleurs, n’oubliez pas que les contributeurs et contributrices ont une vie en dehors de SPIP.
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